Questo post fa parte del III° Carnevale della biodiversità, il cui argomento è "Le dimensioni contano". Il Carnevale è ospitato da Livio Leoni, sul suo blog Mahengechromis, dove potete trovare anche tutti gli altri blog della "manifestazione". Se posso permettermi, merita passarci una giornata, perché oltre tutto ci sono alcune new entry decisamente interessanti. 
Lo so, il titolo non è particolarmente allettante, ma mi ricorda tra le altre cose un libro che io ho trovato molto significativo, di Ernst Schumacher, che aveva lo stesso nome. Ma l’argomento del post è tutt’altro e riguarda, ovviamente come tutti i Carnevali, gli esseri viventi. Le dimensioni che contano, questa volta, sono quelle al contrario, per così dire: ecco perché piccolo è bello. Ma, come vedremo, anche parecchio strano. Tutto ha preso ispirazione da un paio di lavori: il primo ha un titolo a dir poco esoterico: Acoelomorph flatworms are deuterostomes related to Xenoturbella, ed è stato pubblicato su Nature circa due mesi fa. Il secondo è uscito su PlosOne, ed ha quindi un titolo più sbarazzino: Stalking the fourth domain in metagenomic data. Entrambi hanno alcuni denominatori comuni, cioè a) lo studio di specie poco considerate: “vermi” e virus molto particolari e b) l’uso di strumenti di analisi piuttosto sofisticati per svelare misteri che affondano nel passato, anche molto lontano.
I cosiddetti “vermi” del primo articolo sono due gruppi di specie che definire poco appariscenti è far loro un complimento: gli Acelomorfi e gli Xenoturbellidi (qui accanto). Decisamente minuscoli e criptici, erano stati scoperti solo tra i granelli dei sabbia marina. I secondi addirittura vivono solo al largo delle coste di Scozia, Svezia e Irlanda (anche se molto probabilmente basta guardare un po’ meglio e si trovano ovunque). Fino a non molti anni fa, in base essenzialmente e alla loro struttura (o mancanza di…) era entrambi classificati vicini ad altri “vermi” molto semplici, i Platelminti. In particolare gli Acelomorfi erano ancora più semplici di questi ultimi, dotati com’erano di una bocca ma privi di ano. Il cibo è inghiottito, digerito e assorbito dalle cellule del parenchima digestivo. Una struttura così semplice ha ovviamente fatto pensare a un animale primitivo, quindi – ma questo lo presumo io – non degno del lignaggio che ha portato all’uomo, quello dei Deuterostomi. L’altra linea, quella dei Protostomi, porta invece Molluschi, Artropodi, Platelminti, Rotiferi e altro. Gli Acelomorfi erano così classificati come ramo basale (che vuol dire primitivo, in fondo) dei Bilateri, i primi animali che, a differenza di spugne, ctenofori e cnidari (meduse e compagnia) hanno una simmetria bilaterale. Poco sopra le meduse vuol dire che queste specie erano decisamente primitive e, appunto, molto lontane dalla linea che comprende Nematodi, Artropodi e Cordati (i più numerosi come individui – forse – i più numerosi come specie e il “pinnacolo” dell’evoluzione). Una particolarità di alcune specie di Acelomorfi è il fatto che forma una simbiosi obbligata con le alghe verdi – e questo li fa diventare fotoautotrofi: usano cioè la fotosintesi per nutrirsi.
Gli altri protagonisti, gli Xenoturbellidi, sono formati da due sole specie (Xenoturbella bocki e X. westbladi) e sono ancora più semplici: non hanno cervello, stomaco e sistema escretorio. In compenso hanno dei gameti presenti nei follicoli, anche se non hanno gonadi. Una prima analisi li aveva piazzati però all’interno dei Deuterostomi. A dire la verità il primissimo sospetto è che fossero in qualche modo parenti dei molluschi, ma pare invece che si nutrano di uova ed embrioni di molluschi e che il materiale fosse contaminato. Avevamo quindi un vermetto tra i Deuterostomi e un altro alla base dei Bilateri: molto lontani quindi. Un’analisi molto approfondita di Dna mitocondriale, di 38.300 posizioni di aminoacidi e miRNA, piccole molecole postrascrizionali che hanno di solito una funzione regolatrice (unita per quel che posso capire a una sofisticata analisi statistica) ha però determinato che questi due gruppi sono molto vicini l’uno all’altro, tanta da formare un solo phylum, gli Xenacoelomorpha, sempre fra i Deuterostomi. Non tutti sono contenti della situazione, però. Ad alcuni zoologi faceva comodo, come dice questo articolo di Nature, che ci fossero alcune specie alla base dei Bilateri, cioè essenzialmente a fare da punto di collegamento tra cnidari e altri animali più complessi. Certo, le loro critiche sono ben altre, come dimostra anche questo articolo uscito su Bmc evolutionary biology (il journal ha circa 10 anni, non è proprio un veterano, ma ha un impact factor non da buttar via), i cui autori non sono convinti della posizioni degli Acelomorfi tra i Deuterostomi e dicono “Altogether we see more evidence for a position of Acoela and Nemertodermatida branching off early from the bilaterian tree rather than being grouped with deuterostomes or protostomes”.
Qui accanto la loro “visione delle cose”; gli Acelomorfi sono “fuori”, gli Xenoturbellidi “dentro”, per poco. Ma visto che non hanno tutti gli organi di cui sono dotati altri gruppi più complessi, com’è possibile che siano lì? Secondo gli autori del primo articolo gli antenati di queste specie avevano tutti i loro organi al posto, ma l’evoluzione glie li ha fatti perdere fino a che sono diventati simili a gruppi dalla struttura più semplice, come appunto i Platelminti. Ipotesi interessante, ma quanto facile da dimostrare? Secondo gli autori dell'articolo che propone il nuovo phylum degli Xenacoelomorpha, questi ultimi hanno questa struttura "povera" perché hanno perduto hanno perduto alcuni miRNA e funzioni collegate. La mancanza di questi potrebbe essere ascritta alla loro assenza già dall'inizio oppure alla perdita nella storia evolutiva e gli autori la pensano in quest'ultimo modo. Al di là della correttezza o meno dell'ipotesi (coloro che si oppongono agli Xenacoelomorpha lo fanno con una serie di obiezioni sensate) è interessante vedere come di primo acchito sia abbastanza normale pensare che esseri piccoli e semplici siano più primitivi di altri più grossi e complicati. Forse è sempre nel filone dell'evoluzione come sviluppo, miglioramento e ingrandimento, in poche parole di acquisizione di caratteristiche e quindi di arricchimento del proprio patrimonio genetico. Il fatto che la scoperta di qualche giorno fa (che l'uomo sia definito non da quello che ha ma da quello che NON ha rispetto alle scimmie antropomorfe) sia considerata sorprendente si inserisce in questa visione del mondo, difficile da cambiare e profondamente presente nel nostro cervello.
Il secondo argomento è ancora più esoterico, e invece di aggiungere un nuovo phylum gli autori vorrebbero aggiungere un nuovo dominio, addirittura. E di questo dominio dovrebbero far parte alcuni esseri decisamente strani. Fino a ora erano considerati dei "semplici" virus, ma studi ulteriori hanno scoperto che sono molto diversi dai virus che conosciamo. Per esempio hanno un patrimonio genetico molto, ma molto più grande di quello degli altri. Eppure sono virus, nel senso che il loro modus vivendi non è molto diverso da quelli che conosciamo: invadono le altre cellule e approfittano del loro apparato di costruzione delle proteine. Il primo sospetto che non fossero proprio simili al nostro amico virus del raffreddore lo hanno avuto alcuni francesi, che hanno studiato alcuni virus definiti Nucleocytoplasmic Large DNA Viruses (NCLDV); uno dei più famosi si chiama Mimivirus. E hanno deciso che, secondo loro, alcuni fattori di trascrizione e alcuni geni sono così diversi da tutti gli altri
che la famiglia dei Mimivirus (ce n’è un altro leggermente più grande che si chiama mamavirus (!) ha bisogno di essere classificata in un dominio a sé, appunto quello dei virus. Che finora era rimasti escluso dalla classificazione delle forme viventi perché non avevano e non hanno proteine ribosomali (tra le altre cose, ovviamente; c'erano ragioni anche filosofiche per farlo). Ricostruendo quindi l’intero cespuglio della vita in base ad alcune proteine che si occupano delle “gestione” del Dna potrebbe portare invece a una forma come questa sopra. La cui didascalia dice: This figure represents the living species in the four small pictures according to the current classification of organisms: eukaryotes (represented by yellow cell), bacteria (represented by green cell), Archaea (represented by blue cell) and viruses (represented by magenta colored Mimivirus). Non tutto è così semplice, e una visita all’articolo originale spiega anche il perché dei vari “rametti” che portano alle forme di vita e il loro colore. Questi studi erano basati solo su alcune proteine: ma altri hanno voluto allargare quasi a dismisura l’analisi. E sono andati a vedere cosa c’era in mare; questo grazie a una raccolta di geni che il mitico (in molti sensi) Craig Venter ha trovato nell’oceano. Questa raccolta, chiamata Global Ocean Survey, ha portato a scoprire un buon numero di geni che nessuno sa ancora ben collocare – anche perché sono scollegati dal resto del genoma. Ma insomma, gli autori di questo secondo articolo (in particolare Jonathan A. Eisen), hanno scoperto che alcuni geni da loro analizzati (che appartengono a gruppi definiti recA e rpoB) sono decisamente diversi da tutti gli altri che appartengono, bene o male, a forme di vita che conosciamo. E quindi devono essere collegati a quello che anche i ricercatori francesi avevano chiamato un quarto dominio della vita. Ecco cosa ne hanno ricavato:
Le forme di vita rosse (tra Asfaviridae e Mimiviridae) sono i virus giganti e le due forme che Eisen (qui c’è anche il suo blog) non ha saputo collocare sono gli Unknown 1 e 2. Che a questo punto, anche in base alle dichiarazioni del primo articolo, meriterebbero la palma di nuovo dominio della vita. Con alcune conseguenze: prima di tutto aumenta a dismisura la biodiversità. Se ci infiliamo anche questi virus, il numero delle forme viventi cresce di un bel po'. Inoltre,e questo è secondo me la cosa più interessante, l'esclusione dei virus era una cesura precisa tra la vita e la non vita. Da una parte le cose che si agitano, più o meno lentamente, e hanno un minimo di autonomia "gestionale" dall'altra quelle immobili e che se si muovono lo fanno in maniera del tutto automatica. Ma questi virus sono troppo simili a batteri (alcuni batteri sono infatti più piccoli dei virus giganti) per non essere considerati viventi. Il confine si fa sempre più labile e sfumato, in fondo. Nonostante le loro dimensioni, quindi, è da questa parte che molto probabilmente si potrà verificare un aumento della biodiversità e un cambiamento della nostra concezione di vita. Ed ecco perché Piccolo è bello.
Philippe, H., Brinkmann, H., Copley, R., Moroz, L., Nakano, H., Poustka, A., Wallberg, A., Peterson, K., & Telford, M. (2011). Acoelomorph flatworms are deuterostomes related to Xenoturbella Nature, 470 (7333), 255-258 DOI: 10.1038/nature09676
Wu, D., Wu, M., Halpern, A., Rusch, D., Yooseph, S., Frazier, M., Venter, J., & Eisen, J. (2011). Stalking the Fourth Domain in Metagenomic Data: Searching for, Discovering, and Interpreting Novel, Deep Branches in Marker Gene Phylogenetic Trees PLoS ONE, 6 (3) DOI: 10.1371/journal.pone.0018011