I miei post del 2010 che mi piacciono di più

Dare il nome alle cose

Una dei primi atti di Adamo dopo la creazione e la sistemazione del pianeta (all’universo ci avrebbe pensato il padrone del vapore) è stato di dare i nome a tutto ciò che lo circondava, in particolare agli esseri viventi. Dicono gli esegeti (non chiedetemi la fonte, è il 31 dicembre) che battezzare qualcosa è un po’ come possederlo,e da quel momento in fatti la specie umana si diede a possedere la Terra in più di un modo. Ma vuol dire anche capirsi quando si comunica con altri esseri umani (per Adamo non c’erano troppi problemi, adesso che siamo sette miliardi, e dopo la Torre di Babele è più complicato). Per questo, come dimostra anche questo libro l’uomo si è sempre dato da fare per dare nomi a qualsiasi essere vivente che trovasse. Finché erano canguri e uccelli del paradiso, nessun problema (o pochi), quando ci si è trovati di fronte alle piante, qualche ostacolo è sorto. Le piante sono polimorfe, cambiano secondo la stagione e il momento, la stessa specie cambia aspetto secondo l’ambiente dove cresce; come se un canguro camminasse a quattro zampe in montagne a saltasse in pianura. Mettiamoci anche il fatto che a volte i botanici classificano una specie e non sanno che anche un altro collega l’ha già fatto; per la stessa specie, ma per una forma diversa (la stessa cosa succede per i fossili, ma lì siamo di fronte a pezzettini di un puzzle spesso non collegabili). Insomma, il risultato è stato che la confusione è somma sotto il cielo e a questo punto non sappiamo bene quante specie vegetali abbiamo. A mettere tutti d’accordo (anche se salterà fuori il solito pierino che contesterà i criteri) sono state due istituzioni importanti, cioè il Royal Botanic Gardens, Kew e il Missouri Botanical Garden. Cos’hanno fatto? Hanno semplicemente fatto quello che si chiama revisione tassonomica, cioè hanno cercato di capire se a ogni nome corrispondesse veramente un’entità e una sola (una corrispondenza biunivoca). Sono arrivati alla conclusione – e tutto è qua – che su un totale di 1.040.426 nomi scientifici ci sono 298.900 nomi accettati, 477.601 sinonimi e 263.925 nomi non risolti. il tutto diviso anche per gruppi (angiosperme, conifere, felci e muschi). Sul sito si può arrivare fino a livello di specie, e sapere che la Campanula petraea aveva quattro sinonimi e che le orchidee hanno 69.900 nomi, di cui 27.135 sono stati accettati. La lettura del sito, ancorché non particolarmente diversa da pagina a pagina, è estremamente appassionante, almeno per un botanico. Un ultimo pensiero. In questo sito i signori stanno parlando di nomi, non di piante; cioè di convenzioni umane, non della realtà. Ma solo di come i botanici vedono la realtà. Vi lascio con un brano di Alice (da Attraverso lo specchio) che nessun regista riuscirà mai a rovinare con le immagini.

The name of the song is called 'Haddocks' Eyes.'"
"Oh, that's the name of the song, is it?" Alice said, trying to feel interested.
"No, you don't understand," the Knight said, looking a little vexed. "That's what the name is called. The name really is 'The Aged, Aged Man.'"
"Then I ought to have said 'That's what the song is called'?" Alice corrected herself.
"No you oughtn't: that's another thing. The song is called 'Ways and Means' but that's only what it's called, you know!"
"Well, what is the song then?" said Alice, who was by this time completely bewildered.
"I was coming to that," the Knight said. "The song really is 'A-sitting On a Gate': and the tune's my own invention."

E con la foto di un’Iris pyrenaica (forse, magari è un sinonimo).

Denti delle mie brame

Può darsi che la storia dei batteri all'arsenico abbia messo in guardia qualcuno dall'esagerare le proprie scoperte, ma non sembra che questo sia successo in un altro campo particolarmente competitivo, quello della paleoantropologia. In effetti a partire da questo filmato

e da questo comunicato AP, sembra che alcuni paleontologi israeliani abbiano scoperto otto denti (Three permanent mandibular teeth (C1-P4), three isolated permanent maxillary teeth (I2, C1, and M3) and two isolated deciduous teeth) che a prima datazione dovrebbero avere almeno 400–200 mila anni e dall'aspetto "umano", nel senso di Homo sapiens. Quindi sarebbero di molto ma molto precedenti la prima sicura comparsa di H. sapiens in Africa (160.000?). Se fosse vero, questo scombinerebbe di molto la dinamica della speciazione del genere Homo, perché i primi uomini "veri" sarebbero prima di tutto quasi contemporanei con i Neanderthal, poi non sarebbero neppure africani, ma asiatici. Per questo lo scopritore dice anche nel filmato che questo "cambierebbe l'intero affresco evolutivo". Non ho potuto vedere l'articolo originale (l'ho chiesto, ma come blogger, e così ti ridono in faccia), ma credo che parlando solo della comunicazione della scoperta ci risiamo con il carattere "rivoluzionario" e con la "completa revisione" della scienza. Manca solo "Darwin aveva torto" anche se su talk.origins qualche creazionista ha già postato l'abstract.

I ricercatori come al solito parlano in un modo alla stampa e in un altro alla loro comunità. Accanto alle affermazioni di cui sopra, infatti, nell'abstract si parla di ominini che sono tutt'altra cosa da H. sapiens e basta (anche se "hominin specimens previously known from southwest Asia" sono H. sapiens e H. neanderthalensis, quindi...), poi "a few traits may suggest some affinities with members of the Neanderthal evolutionary lineage. However, the balance of the evidence suggests a closer similarity with the Skhul/Qafzeh dental material, although many of these resemblances likely represent plesiomorphous features".

Quindi, i denti potrebbero essere simili a quelli dei Neanderthal (e fin qui niente di strano), anche se sono non diversi da quelli di Skhul/Qafzeh. Oppure ancora potrebbero esserci caratteri plesiomorfi (cioè primitivi - che since a plesiomorphy that is inherited from the common ancestor may appear anywhere in a tree, its presence provides no evidence of relationships within the tree). Oppure, dico io, potrebbero aver datato male il substrato. Insomma, da una parte "siamo rivoluzionari", dall'altra "aspettiamo". Aggiungiamoci anche l'orgoglio di dire "i primi uomini erano ebrei" (nazionalismo?) e la frittata è fatta.

Come dice Beatrice Mautino: per dire che si urla sempre al giornalista facilone che rincorre lo scoop, ma sempre più spesso, come per l'arsenico, gli scienziati ci mettono del loro.

Sta a vedere che a volte i giornalisti lavorano meglio degli scienziati. Amen.

Autoaffilamento naturale

Spesso si dice che l’uomo ha preso spunto dalla natura per le sue “invenzioni”, come il velcro o il sonar. Ecco un altro esempio dello stesso tipo. Per scoprire come e perché i ricci di mare, o almeno la maggior parte di essi, riescono a “mordere” la roccia fino a scavarvi dei buchi, un gruppo di fisici guidati da Pupa Gilbert (beh, si chiama così) hanno studiato la struttura della bocca del riccio di mare. E hanno scoperto che i denti sono fatti di cristalli di calcite tenuti insieme da nanocemento di calcite. Il tutto immerso in un materiale organico che è meno resistente della calcite. Tanto che forma una specie di tracciato che ogni tanto permette alla calcite più esposta all’usura di staccarsi, e presentare così una superficie sempre affilata. Gran bel trucco, non c’è che dire, che ovviamente potrebbe essere sfruttato in futuro per costruire strumenti che non hanno bisogno di affilatura.
Della serie “Ma perché studiate animali stupidi come i ricci di mare?”

Classifiche 2. Straight from the horse's mouth

Un post sempre a proposito di classifiche.
Primo, la frase sopra non è un'offesa, ma un detto inglese che significa "direttamente dalla voce dell'autorità". (Embè? c'è qualcuno che non lo sa, non fate i sopracciò).
Secondo, Claudio, che è community manager di Wikio (e non mi ha affatto disturbato, anzi...), mi ha mandato il messaggio che trovate sotto. Dopo averlo pubblicato, ho pensato che poteva essere utile anche come post. Poiché messaggi sono pubblici (se io li pubblico...) non gli chiedo il permesso. Se non è d'accordo, me lo dica.
Ecco il messaggio, usatelo come meglio credete:

Salve, sono Claudio, il community manager per Wikio Italia. Chiedo scusa per l'intrusione e spero che vederci un po' più chiaro sul nostro algoritmo vi possa fare piacere. Le classifiche Wikio per ogni area tematica vengono calcolate in base ad un algoritmo studiato ad hoc per rendere, almeno sulla base del ragionamento tecnico/scientifico, un risultato valido e meritocratico. Ovviamente la perfetta equità nel giudizio resta una chimera, ma noi ce la mettiamo tutta per raggiungerla! Infatti a partire dal mese di ottobre in Italia abbiamo iniziato ad utilizzare il nuovo algoritmo Twikio, il quale prende in considerazione:
1. il numero di backlinks ricevuti (ovvero altri blog che vi citano), ognuno dei quali ha un proprio punteggio che varia in base al Page Rank del blog che vi linka, ed ha una valutazione decrescente nel tempo, per limitare lo scambio di link per convenienza (potete controllare questo fattore qui http://labs.wikio.net/it/factory )
2. il numero di retweet (avere un bottone al termine di ogni post che lo permette è F O N D A M E N T A L E)
3. il numero di voti ricevuti su Wikio.
Il numero di visite, followers e commenti non viene preso in considerazione, ma stiamo lavorando per inserire anche gli "I like" provenienti da Facebook. Molti blogger contestano i nostri criteri, alcuni criticano la mancanza di un occhio di riguardo per i contenuti, ma riteniamo che un approccio prettamente razionale sia il meglio che possiamo offrire per rendere un buon servizio ai nostri utenti. Il nostro intento infatti non è stabilire quale blog sia il "migliore", ma intendiamo offrire agli internauti la Top 20 dei blog di tale categoria che in un dato mese ha pubblicato i post più interessanti, le notizie che dobbiamo assolutamente sapere, ecc...
[...]
Buone feste
Claudio @Wikio

Alcuni commenti miei. 1) Per far notare quanto sono tecnologico, non ho la più pallida idea di cosa siano i retweet, anche se appena posso vado a cercarlo (l'ho aggiunto, oplà). 2) La cosa fondamentale nella posizione in classifica non è la qualità ma la notorietà. 3) Nel post precedente non volevo contestare Wikio, ma solo domandarmi come mai alcun blog di sicura qualità non fossero neppure in classifica e altri avessero posizioni più basse. Ora lo so.
Grazie per gli auguri, ricambio.
Claudio, grazie ancora.

Di blog e classifiche

Su richiesta di Peppe Liberti (dal suo ottimo blog Rangle) mi sono iscritto a Research blogging, un aggregatore di blog scientifici ora anche in italiano. Per l’occasione ho dato un’occhiata in giro al mondo dei blog scientifici italiani. Non che non li frequentassi, ma non avevo mai cercato di costruirmi una mappa sistematica della “nuova informazione”. Ovviamente sono partito dal Carnevale della biodiversità, che riunisce quelli che i tre iniziatori (anche se il vero padre è Livio) ritengono a una prima analisi i migliori blog biologici in italiano. E o guardato anche se qualcuno aveva fatto una lista dei blog italiani di scienza. Mettendo insieme questi due approcci ho fatto un giro anche nelle classifiche dei blog in particolare quella di Wikio (cui fanno riferimento tutti, e chi sono io per non usarla?). Ho notato alcuni fatti particolari, e volevo chiedere ai miei lettori se anche a loro risulta. Primo, nella classifica di Wikio (dicembre) nei primi venti blog nessuno tratta di biologia come materia principale (o addirittura unica). I primi sono blog multiautore, poi ce ne sono parecchi di fisica, astronomia, matematica, antropologia/etnografia. Due si occupano (non solo ma anche) di ambiente – Oca sapiens ed Effetto Cassandra, ma nessuno di biologia in senso lato. Il primo, e questo è il secondo punto (scusate il gioco di parole) è quello che state leggendo, al 25 posto. Perché la cosa è curiosa? Perché altri blog molto più interessanti e sicuramente più noti di Leucophaea  non sono in classifica o sono in posizioni molto basse: è possibile per esempio che Meristemi (che spesso pubblica post capolavoro) sia solo al 33° posto? E che il blog di Aldo Piombino (a proposito, augurissimi) con tutto quello che è successo qualche tempo fa con i creazionisti, sia solo 37° e Giorgio Israel 38°? I massimo secondo me lo raggiunge Made in Italy, il blog di Marco Cattaneo, che è due posti sotto il mio, nonostante l’evidente valanga di visite e quindi di link. Non parliamo di L’orologiaio miope, che non è neanche in classifica (anche se mi pare di capire che ci si debba iscrivere, e dubito che Tupaia lo abbia fatto – e io non mi ricordo se e quando l’ho fatto).

Conclusioni? Che secondo me c’è qualcosa che non quadra nelle classifiche dei blog – o almeno in quella di Wikio, non ne conosco altre. E che se diamo per buona questa classifica, agli italiani di scienze naturali con approccio di ricerca (ci sono altri blog ambientalisti, ma qui non fanno testo) importa assai poco. Un po’ troppo severe e cattive? Può darsi, ma questo è quello che mi salta all’occhio. Vedremo se Research blogging cambia la situazione.

In Africa un elefante. Anzi due

La notizia in sé è nota da anni, tanto che le guide alla fauna africana più aggiornate elencano due specie di elefanti. Ma la ricerca svela anche alcuni particolari molto peculiari delle due specie. Comparando il Dna dei due elefanti africani (Loxodonta africana e L. cyclotis, l’elefante di savana e quello di foresta), quelli dell’elefante indiano e di due specie estinte (mammut e mastodonte) si è infatti scoperto che la differenza a livello di Dna delle due specie africane è simile a quella che esiste tra l’elefante indiano e il mammut. Questo nonostante abitino lo stesso continente da milioni di anni, e che nell’aspetto siano molto simili (quello di foresta è però molto più piccolo di quello di savana). La divergenza genetica tra le due specie di elefanti, dice Michi Hofreiter, che lavora a York, risale allo stesso periodo dello split tra uomini e scimpanzé. La notizia è nota, come si diceva prima, ma ora la certezza assoluta della distinzione deve far cambiare anche le strategie di conservazione degli elefanti africani, con l’elefante di foresta che ha una priorità maggiore di quello di savana (pure minacciato).

Rohland, N., Reich, D., Mallick, S., Meyer, M., Green, R., Georgiadis, N., Roca, A., & Hofreiter, M. (2010). Genomic DNA Sequences from Mastodon and Woolly Mammoth Reveal Deep Speciation of Forest and Savanna Elephants PLoS Biology, 8 (12) DOI: 10.1371/journal.pbio.1000564

Quando l’ossigeno importa

Due notizie negli ultimi giorni hanno dimostrato (fino a quando qualcuno non troverà prove contrarie) che uno delle grandi spinte verso la complessità e l’esplosione della biodiversità provenne, qualche centinaia di milioncino di anni fa, dall’aumento dell’ossigeno in atmosfera. La prima ricerca viene dal Mit: si parte dal presupposto che non possono esistere fossili che risalgono a oltre 540-560 milioni di anni fa (il momento della cosiddetta Esplosione cambriana, un momento fondamentale nella storia della vita sulla Terra, quando la biodiversità aumentò rapidamente. Anche se non abbastanza rapidamente da far pensare a un atto di creazione, aggiungo). L’unico modo è quello di ricostruire il genoma antico cercando di capire quali fossero i geni che sono “nati” milione di anni dopo milione di anni; la ricerca ha così delineato la storia di migliaia di geni da circa 100 genomi moderni e hanno ricostruito l’albero dei genomi (che vedete nel disegno sopra) contando i geni in comune, e quindi risalendo alla loro comparsa. Il lavoro “suggerisce” che il genoma collettivo (appunto i geni in comune alla maggior parte dei viventi) ebbe un improvviso aumento di complessità tra 3.3 e 2.8 miliardi di anni fa – più verso l’ultima data che la prima – quando nacquero il 27% dei geni attuali. La maggior parte di questi geni sono collegati al metabolismo dell’ossigeno e non è stato difficile pensare che proprio la presenza di questo gas velenoso (almeno fino ad allora) abbia portato allo sviluppo di enzimi in grado dapprima di proteggere le delicate cellule dall’azione ossidante del gas, e poi a sfruttarlo come accettore di elettroni nella respirazione. I due autori però, Alm e David, pensano di aver scoperto la nascita non tanto di tutto il metabolismo dell’ossigeno, ma solo di quello che si chiama “trasporto degli elettroni”, cioè il processo biochimico che fa passar egli elettroni attraverso la membrana cellulare. Un processo che avrebbe consentito la nascita di altri meccanismi fondamentali come la fotosintesi e la respirazione, che letteralmente rivoluzionarono la storia della vita. “Possiamo speculare che avere accesso a un budget energetico decisamente superiore consentì alla biosfera di ospitare una vita microbica decisamente più grande e complessa”. Cioè aumentare la biodiversità.
Non è finita:

David and Alm also went on to investigate how microbial genomes evolved after the Archean Expansion by looking at the metals and molecules associated with the genes and how those changed in abundance over time. They found an increasing percentage of genes using oxygen, and enzymes associated with copper and molybdenum, which is consistent with the geological record of evolution.

L’altra notizia ha ancora a che fare con geni e ossigeno, ma riguarda questo essere qui accanto, una delle specie più strane di tutta la biosfera (e più degno di un post presso L’orologiaio miope, che infatti ne ha già parlato). Si tratta di Trichoplax adhaerens; l’unico rappresentante del phylum Placozoa ha una struttura stranissima. Non ha organi o altre complicazioni interne, ma è fatto di tre strati cellulari diversi (e cinque tipi di cellule) e secondo alcuni il suo phylum non è poi così primitivo (che non sempre significa semplice, ma dalla storia evolutiva molto antica) come sembra. Anzi, potrebbe anche essere un eumetazoo. Insomma secondo i ricercatori questo Trichoplax, nonostante la sua semplicità, sfrutta un meccanismo presente anche negli animali più complessi. Anche nei vertebrati, ovviamente, e nell’uomo. È il meccanismo che serve a percepire la presenza dell’ossigeno o la sua diminuzione, e che nell’uomo quindi fa scattare la risposta alla mancanza di ossigeno, cioè all’ipossia, per evitare che alcuni organi – il cuore in particolare – vadano in sofferenza. Il Trichoplax ha lo stesso modo per “sentire” o meno la presenza di ossigeno, la hypoxia-inducible transcription factor pathway (traducibile con la via del fattore di trascrizione indotto dall’ipossia). Se è presente molto simile nelle linee più moderne e anche in quelle più antiche, significa che il meccanismo è sorto molti milioni di anni fa, quando le due linee si sono separate. E proprio molti milioni di anni fa, per la precisione 550, c’è stato un aumento spaventoso di ossigeno nell’atmosfera, dal 3% al 21%. Lo stesso momento (decina di milioni di anni più o meno) in cui la vita è andata incontro all’esplosione cambriana (vedi sopra per il link). Sembra quindi che l’aumento dell’ossigeno in atmosfera abbia spinto la vita ad adottare contromisure che hanno condotto all’aumento di complessità e quindi di biodiversità. La velocità metabolica della vita è aumentata e le marce alte e la velocità elevata hanno permesso di differenziare sempre di più le forme di vita.

Fonti:

Scientists decipher 3 billion-year-old genomic fossils: http://www.eurekalert.org/emb_releases/2010-12/miot-sd3121510.php

Loenarz C, Coleman ML, Boleininger A, Schierwater B, Holland PW, Ratcliffe PJ, Schofield CJ. The hypoxia-inducible transcription factor pathway regulates oxygen sensing in the simplest animal, Trichoplax adhaerens. EMBO Rep. 2010: http://dx.doi.org/10.1038/embor.2010.170

Didascalie:
sopra. The figure shows the evolution of gene families in ancient genomes across the Tree of Life. The sizes of the little pie charts scale with the number of evolutionary events in lineages, slices indicate event types: gene birth (red), duplication (blue), horizontal gene transfer (green), and loss (yellow). The Archean Expansion period (3.33 to 2.85 billion years ago) is highlighted in green. Credit: Lawrence David

sotto: Trichoplax adhaerens. Copyright: Karolin von der Chevallerie, University of Hannover

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• 550 million years ago rise in oxygen drove evolution of animal life (eurekalert.org)

Ecco a che cosa serve (la biodiversità)

Ci siamo, dopo tanto lavorare, ecco il primo post del “Carnevale della biodiversità”, organizzato insieme a due amici. È un post “a più notizie”, che va a scavare su una delle domande che più mi sono state poste durante quest’anno. Nonostante dodici mesi di bombardamento anche mediatico sul tema della biodiversità, infatti, non è stato insolito sentirsi chiedere “A cosa serve questa biodiversità, per l’uomo?”. Una domanda che denuncia uno (o due) atteggiamenti mentali piuttosto comuni: la mancanza di voglia (o possibilità) di informarsi e una visione puramente utilitaristica e antropocentrica della natura da parte della maggioranza delle persone. Eppure non sarebbe troppo difficile informarsi su cosa sia e quali siano le sue funzioni (non “a che cosa serva”) questa benedetta biodiversità.* Nell’anno a essa dedicato sono molti i canali (stranieri) che hanno messo l’argomento come centrale nella diffusione delle notizie. Un esempio di articolo (solo abstract) che potrebbe spiegare a tanti molte cose è apparso sulla rivista Nature all’inizio del mese; il titolo è già abbastanza chiaro: L’impatto della biodiversità sull’emersione e trasmissione di malattie infettive”. Il lavoro spiega, in poche parole, che alla diminuzione di biodiversità corrisponde un aumento della presenza di malattie infettive. Il lavoro è una review, quindi un elenco di molti altri articoli originali che raccontano di un quadro complesso e difficile da districare. Anche perché la biodiversità è sì una caratteristica di ogni singola specie (biodiversità genetica) ma anche e soprattutto dell’intero ecosistema (biodiversità ecologica).

Come esempio di un sistema relativamente semplice e delle sue conseguenze per la biodiversità e le malattie infettive, l’articolo cita uno studio su un topo selvatico piedi bianchi (Peromyscus leucopus – che si vede nella foto sopra, con le zecche alle orecchie), una zecca (Ixodes scapularis – qui accanto) che trasmette la malattia di Lyme, e l’opossum della Virginia (Didelphis virginiana). Gli elementi sono solo tre (quattro se contiamo l’agente della malattia di Lyme), ma il quadro è complesso. Negli ecosistemi in cui la biodiversità è bassa, e nei quali sono presenti moltissimi topi selvatici (specie particolarmente resistente e eclettica – ecologicamente) e pochi opossum, la possibilità di essere colpiti dalla malattia di Lyme è più elevata di quanto non accade negli ambienti in cui cui sono presenti anche i marsupiali. Questo perché la zecca che si attacca agli opossum ha più probabilità di essere “grattata via” e quindi uccisa dall’esposizione agli agenti ambientali di quanto non accade quando cerca di nutrirsi del sangue dei topolini. In altri sistemi il quadro è simile: se ci sono molti animali, il vettore di una malattia avrà più difficoltà a trovare quello giusto che funge da trasmettitore verso l’uomo. Per esempio, in Oregon uno studio ha determinato che quando la diversità dei mammiferi diminuisce, aumenta la prevalenza (il numero di casi di una malattia presenti nella popolazione in un determinato momento) dell’infezione da Hantavirus, trasmesso dai piccoli mammiferi. Insomma, la biodiversità diminuisce la possibilità di essere colpiti da alcune malattie.

La situazione non è sempre così lineare. Per contro, infatti, fanno notare gli autori, la presenza di un maggior numero di specie in un ecosistema fa sì che ci sia una maggior presenza di possibili parassiti e patogeni. E questo accade specialmente quando l’uomo penetra in ambienti mai toccati prima, e comincia a (eufemismo) modificare l’ambiente. Dalla deforestazione all’uccisione di tutto quello che gli si para davanti, le possibilità di venire a contatto con molti patogeni o vettori di parassiti è molto elevata, e più elevata è la biodiversità, maggiore è la probabilità di essere colpiti. Il virus dell’Aids (Hiv) è saltato da una scimmia all’uomo proprio per i contatti più frequenti tra le specie; una era la pietanza dell’altra. Ma una più elevata biodiversità microbica al contrario si potrebbe considerare un’assicurazione contro l’emergere di specie patogene; se molti batteri sono diventati resistenti agli antibiotici è anche dovuto al fatto che gli antibiotici stessi hanno spazzato via i ceppi non resistenti, che “equilibravano” l’intero ecosistema microbico interno al corpo. Tutto sommato, dicono gli autori, e ci sono parecchi studi di supporto a quest’idea, una maggiore biodiversità è meglio di una bassa.

Rimedi? Ce ne sono e, purtroppo, sono ben conosciuti. Nel senso che tutti sanno che per conservare la biodiversità di un ambiente sarebbe necessario proteggere grandi tratti di territorio che consentano lo svolgimento più o meno “naturale” (qualsiasi cosa questa parola voglia dire) delle dinamiche ecosistemiche. E che per conservare la biodiversità microbica il metodo migliore è utilizzare meno antibiotici, sia nell’uomo sia negli animali domestici. Suggerimenti che vanno contro la normale politica di sfruttamento dell’ambiente naturale e dell’andamento del mercato.

Lepri che litigano

Ma la biodiversità “funziona” anche a livello meno onnicomprensivo di quello ecosistemico (anche se qui forse allargo un po’ il concetto di biodiversità; in questo caso sarebbe tecnicamente variabilità). Come dimostra uno studio dell’università di Vienna (attenzione, pdf dell’articolo intero), che ha preso in esame l’interazione tra la variabilità (eterozigosi) di due Mhc (Major histocompatibility complex, un gruppo di geni che codificano per per proteine della membrana cellulare; questi giocano un ruolo importante nel sistema immunitario – e quindi nella difesa dai parassiti) e la fitness di due popolazioni di lepri (Lepus europaeus – sopra) in Austria e in Belgio – misurata come numero di cicatrici placentari. Non è del tutto chiaro come l’Mhc sia collegato alla fitness e in più ci sono molte altre variabili che potrebbero influenzare la fertilità delle femmine (tanto che a un certo punto il lavoro dice:

 

A major hurdle to detecting associations between MHC loci and fitness parameters, such as reproduction, is disentangling the marginal effect of MHC composition from myriad ecological and environmental factors that are likely to impact fertility),

ma i risultati sono chiari, anche se complessi da analizzare. La variabilità (quindi biodiversità genetica, diciamo così), all’interno dell’Mhc gioca un ruolo importante della performance riproduttiva delle femmine di lepre, anche se l’effetto ha un forte componente regionale. Cioè in Belgio le lepri femmine eterozigotiche che si riproducono sono circa il 76%, e le omozigotiche il 41%. Invece in Austria le femmine non riproduttive sono in entrambi i casi l’11%. Non solo, ma in Belgio le femmine eterozigotiche hanno più piccoli delle omozigotiche; cosa che non succede in Austria. Quindi, non tutto è chiaro (la variabilità regionale) ma quello che è chiaro è che una maggiore biodiversità porta a un maggior numero di figli e una minore sterilità; quindi una fitness maggiore per le femmine più “variabili”.

 

*Su questo certo non brillano i mezzi di comunicazione di massa che, come ho più volte dimostrato in questo blog, vedono la natura come un’accozzaglia di animali e a volte piante che fanno solo cose strane. Le curiosità sono il motore di quella che passa per divulgazione naturalistica italiana. A questo si aggiunge il fatto che nella maggior parte dei casi le notizie non sono in italiano, e si sa quale sia la conoscenza dell’inglese di questo popolo di “santi, eccetera”.

Crediti delle immagini:
Topo selvatico: J. Brunner, 2008, Nature
Zecca: da Wikipedia
Lepri: dal sito della facoltà di medicina veterinaria dell’università di Vienna

 

Da Nobel

Non mi sono mai addentrato nel labirinto della medicina “integrativa” “alternativa” “morbida” o altra definizione possibile, perché ogni post avrebbe bisogno di una lunga introduzione al tema e approfondimenti che non voglio (né posso) fare. Ma questo pezzo merita una lettura approfondita, per molte ragioni, anche storiche e di scontro tra le due culture. Cos’è accaduto, quindi? In occasione della ““The Jerusalem Conference on Integrative Medicine”, John C McLachlan, professore di educazione medica (traduco letteralmente) manda agli organizzatori una lettera in cui dice di aver scoperto che sulle natiche c’è, letteralmente, una riproduzione del corpo umano molto simile a quella dell’homunculus sensoriale (la vedete nell’immagine sopra). Solo che questa seguirebbe le cosiddette linee di Blatschko, e a esse risponderebbe quando si usano gli aghi per agopuntura con un’azione analgesica e altri metodi di cura. Ci sono altri particolari, tipo che la rappresentazione è invertita, con la faccia più… in basso, ma l’importante è questo. La proposta di McLachlan è stata accettata dal comitato della conferenza, ma il professore non ha voluto portare lo scherzo fino in fondo e non c'è andato (anche se gli sarebbe piaciuto vedere Gerusalemme).

Sono interessanti le conclusioni che trae dalla vicenda; è vero come dice che i comitati delle conferenze si basano sulla buona fede di coloro che fanno le proposte e non si aspettano scherzi, ma una cosa così palesemente assurda avrebbe dovuto sollevare qualche sospetto. Invece il tutto è stato accettato acriticamente. Anche se qui forse è un po' severo, McLachlan dice quindi che in fondo tutte le "medicine integrative" si basano su nozioni (non ipotesi) che semplicemente non possono essere controllate. Arriva fino al punto di dire che un po' di semplice buon senso è quello che manca in questo campo. E a paragonare il tutto all'affare Sokal, in cui un fisico spedì un paper palesemente assurdo ("Transgressing the Boundaries: Towards a Transformative Hermeneutics of Quantum Gravity") a un journal scientifico di studi sociali, con un'invereconda quantità di vaccate che suonavano scientifiche (ma non lo erano) proprio con lo scopo di prendersi gioco dell'ignoranza di certi sociologi postmoderni (spesso francesi) che costruiscono sul nulla "teorie" assurde utilizzando un gergo e parole di cui non capivano il significato, spesso per giustificare la presa di posizione che “tutto è testo” e anche le teorie scientifiche sono costrutti scoaiali e linguistici. È tutto qua. L'episodio ovviamente serve solo a dimostrare che castelli in aria come l'iridologia, l'auricoloterapia e la riflessologia (per non parlare dell'omeopatia o dei fiori di Bach) non hanno base alcuna, e che tutti i soldi spesi per accertarne l'efficacia sono buttati (le cure sono un'altra storia).
Ma anche che il controllo delle affermazioni “scentifiche” mediche debba passare per forza da un processo condiviso di revisione scientifica: e che infine i cosiddetti "altri modi di conoscere" e trattare le malattie possano essere così impalpabilmente vasti da essere inafferrabili e, in conclusione, privi di valore euristico (si dice così no?) e soprattutto pratico. I paroloni, in fondo, possono ingannare qualcuno per sempre, tutti per qualche tempo, ma non tutti per sempre.
O, come dice il più grande filosofo della nostra epoca, Hobbes (la tigre di pezza): Maybe we can eventually make language a complete impediment to understanding.

Quando l’arsenico è velenoso (per la notizia)

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Di solito sono molto restio a commentare i post di altri blog, più o meno "strutturati" o di valore (preferisco prendermela con i giornali, parlare male dei blog sembrerebbe come parlar male di se stessi), ma la vicenda dei batteri all’arsenico mi induce a chiedermi  perché non si è tutti un po’ più cauti, prima di scrivere certi post. L'articolo originale è uscito online il 2 dicembre, anche se alcuni siti avevano già rotto l'embargo un paio di giorni prima (e la Nasa stessa aveva enfatizzato la scoperta con una conferenza stampa di "suggerimento"). Ciò significa che molti potevano avere l’articolo stesso qualche tempo prima, e ragionarci un po’. Quasi immediatamente molti blogger stranieri di alto livello (come Sandwalk o The Loom) avevano sollevato qualche dubbio sulla "scoperta"; lo avevo fatto persino io, che di alto livello non sono certo, il 3 dicembre, con un aggiornamento il 4. Dopo qualche giorno le perplessità sono aumentate di molto, e alcuni hanno paragonato questa "scoperta" a quella di Darwinius. Più che un passo avanti nella ricerca scientifica, un passo avanti nella comunicazione pompata. Eppure quasi tutti i blog italiani che ho seguito parlano di questo articolo come di una grande novità, di batteri che usano l'arsenico invece del fosforo, di vita aliena eccetera. Persino Brucato, su Oggiscienza, che non è certo uno sprovveduto, usa espressioni come “una scoperta della quale non potranno non tenere conto tutti i programmi spaziali impegnati nella ricerca di forme di vita extraterrestre”. Altri titolano Microbi all’arsenico allargano i confini della vita (jacktech) o Arsenico e vecchi elementi (sciencebackstage). Dubbi, perplessità, domande? Non ne ho trovate. Neppure quando è uscito un post devastante sull’argomento della microbiologa Rosie Redfield, in cui analizza l’articolo e solleva moltissimi dubbi sulla reale validità delle argomentazioni. Persino Balbi sul Post ha messo le cose così com’erano (e non ne ha parlato su Keplero). Redfield è stato ripresa solo da un blogger italiano, qui, che rimanda proprio al suo post e a un altro di We, beasties – altrettanto dubbioso; anzi, di più, tanto da concludere che This study lacks any real evidence for arsenate-based DNA; unfortunately these exciting claims are very very shaky. Il commento è sul fatto che secondo l’articolo l’arsenico sostituirebbe il fosforo nel Dna, in particolare nello scheletro uguale in tutti gli esseri viventi (la parte a chiocciola della figura sopra).
È molto probabile che mi sia lasciato sfuggire la maggior parte dei post “buoni” scritti in Italia sull’argomento, ma quelli che ho visitato hanno preso la notizia in maniera troppo acritica per poterli considerare, d’ora in poi, affidabili. Insomma, la blogosfera scientifica in questo caso non ha fatto una figura migliore della stampa quotidiana in cui la scienza, si sa,  affidata spesso al primo che capita.

Questo post potrebbe sembrare la bacchettata di un perfettino che non sbaglia mai. Non voglio dire questo, ma solo che (dato per scontato che molti errori li ho fatti anch’io e ci mancherebbe altro) sarebbe il caso che tutti approfittassero delle potenzialità di un blog per fare un lavoro migliore di quello dei quotidiani. E dimostrare loro che le fonti migliori per le notizie scientifiche sono gli articoli originale e poi i blog stessi, e che la scienza non si tratta come l’ultimo gossip (anzi, peggio).

Alieni? Ma che alieni! aggiornato

Qua e là, nei giorni scorsi, ci sono state sui quotidiani notizia dell'annuncio da parte della Nasa del ritrovamento di organismi alieni. Poiché in italiano alieno fa subito venire in mente "lontano dalla Terra" (se non addirittura Alien) ecco che tutte le notiziole sono condite in modo tale che sembra che l'organismo provenga da lontano, che abbia un metabolismo completamente diverso da quello degli organismi terrestri, che sia una specie così diversa da noi che può essere considerata un'altra forma di vita. E che, di conseguenza, si aprano nuove prospettive per la ricerca di vita extraterrestre, per nuovi esseri completamente diversi da quelli terrestri, da cercare e magari trovare nella luna di Endor o altrove. Poi si legge l'articolo originale, che è apparso su Science, e si scopre che le cose non stanno proprio così. Il batterio, perché di batterio si tratta, appartiene a una famiglia precisa (Halomonadaceae) e ha tutte le strutture degne di una forma di vita: mitocondri, cromosomi, parete cellulare, Atp e roba così. L'unica (!!) differenza con altri batteri è che è in grado di utilizzare l'arsenico invece del fosforo. L'As è molto simile al P e quindi anche le sue proprietà biochimiche possono essere riprodotte (è una delle ragioni per cui l'arsenico è velenoso); ha alcuni problemi, come la minore vita dei composti dell'arsenico rispetto a quelli del fosforo, ma in fondo non è così diverso. I ricercatori hanno così modificato l'ambiente di coltura dei batteri mettendogli sempre più arsenico, come d'altronde succede anche nel lago dove vivono normalmente (il Mono Lake in California, nella foto), e hanno scoperto che in un modo o nell'altro questa specie è in grado di utilizzarlo al posto del fosforo; è presente per esempio nell'Atp (che forse diventa Ata), nel Dna e in alcune proteine. Non capisco perché molti dicano che "si nutrono" di arsenico, perché credo che i composti siano messi in coltura come sali di..., ma forse mi dimentico un po' di biochimica. Insomma, la notizia è interessante, fa capire che la vita - sulla Terra - può esistere anche basandosi su altri composti che non siano quelli classici, ma arrivare a dire che è stato scoperto un alieno mi sembra decisamente troppo. Quando vedrò una specie che registra le informazioni genetiche NON con il Dna, allora sarò molto più interessato. Non voglio fare il cinico biologo, ma il tutto mi pare un po' troppo pompato, anche dalla Nasa, che con i repubblicani al Congresso, vede il pericolo di diminuzione dei fondi.

Aggiornamento 00:14 4/12/2010
Parecchi blog statunitensi sollevano più di qualche dubbio sulla rilevanza scientifica di questo lavoro. Alcuni dicono che non è detto che l'arsenico sia incorporato nel Dna e nelle proteine (potrebbe essere sequestrato in alcuni grossi vacuoli) e che i composti dell'arsenico sono decisamente troppo poco stabili in acqua per permettere a un essere vivente di costruirci delle strutture come il Dna. Altri che l'arsenico glie l'hanno infilato giù per la gola e che c'è sempre un po' di fosforo nelle cellule.
Insisto, la vita aliena è tutt'altra cosa. Concludo con il mio Haldane: The universe is not only queerer than we suppose, it is queerer than we can suppose.